En Colombia el crédito de haber hecho conocer con fines industriales las primeras muestras de petróleo se le debe al coronel José Joaquín Bohórquez, quien a finales de 1904, en una de sus expediciones a las infantas, lugar cercano a Barrancabermeja, hizo el primer hallazgo. Años más tarde comentaba "Encontré la primera fuente de petróleo, cuyo conocimiento me lo dio de que era esta sustancia, el olor natural y propio del refinado y el haber mojado en ese líquido mechas de trapo, dando éstas, luego de prenderles fuego, una luz de color naranja y un humo oscuro, que al colocarle encima un objeto, daba el mismo negro humo que el recogido en las linternas que yo llevaba para alumbrarme en los bosques, que eran alimentadas con petróleo refinado. Hice estas observaciones para mis adentros sin decirle nada a mis trabajadores, a quien tan sólo les ordené que me recogieran unas tres latas de ese líquido espeso y grasoso. En esa misma expedición me interné hasta un caño cuyo nombre era San Antonio, en el cual encontré otros pozos de petróleo de distinto tamaño". Con las muestras recogidas el coronel José Joaquín Bohórquez se trasladó hasta Barranquilla donde acudió a diversas firmas comerciales, las cuales, no obstante los múltiples argumentos, mostraron ningún interés por el negocio. Posteriormente hacia el año de 1905 conoció a Roberto De Mares, el cual se interesó mucho con las muestras de petróleo y apoyados por el entonces presidente de Colombia, general Rafael Reyes, (padrino de bodas De Mares), se dio inicio, al menos en teoría a la perforación y explotación de los primeros pozos de petróleo en Barrancabermeja.

De Mares falto de dinero para iniciar en firme los trabajos requeridos y ante la inminente caducidad de los contratos de concesión firmados el 7 de mayo de 1906 entre el gobierno y él, solicitó en tres oportunidades la revocatoria de la resolución de caducidad, otorgándosele un último plazo hasta el 25 de julio de 1916 para dar comienzo en forma definitiva a los trabajos de producción de petróleo en la región del infantas. Roberto De Mares luego de varios viajes a los Estados Unidos logró despertar el interés de las compañías petroleras Benedum Trees Bill Company y de la Penn Mex Fuel Co en el petróleo colombiano. De las entrevistas realizadas queda el siguiente relato del señor Benedum presidente de la compañía que llevaba su nombre: "Acabábamos de vender nuestras acciones en el exitoso campo mexicano de Tuxpam, y nos hallábamos libres de problemas inmediatos, cuando uno de nuestros asociados en los trabajos mexicanos John Leonard nos puso de nuevo en movimiento; John se hallaba de vacaciones navegando por las costas de Sudamérica, un geólogo amigo suyo conversaba con él sobre el petróleo, un tercer pasajero inadvertido de nombre De Mares, escuchaba su conversación y decidió tomar parte en ella. De Mares les explicó que tenía una concesión petrolera del gobierno colombiano de unos tres millones de acres, lo cual entusiasmó de tal manera a John Leonard que instó a De Mares a conocer de manera inmediata dicha concesión; una vez allí, John Leonard se entusiasmó aún más, la tierra olía a petróleo. De Mares necesitaba ayuda financiera para desarrollar su concesión, nosotros la teníamos, pero antes de embarcarnos en esta nueva aventura consultamos en mapas y atlas donde quedaban ese país tan lejano y los pozos del infantas, surgieron una serie de interrogantes tales como: Dónde iríamos a buscar trabajadores calificados, dónde los alojaríamos y cuidaríamos de su salud? ¿Cómo establecer comunicaciones? ¿Cómo transportar hasta los campos de producción los equipos necesarios y cómo despacharíamos el crudo al mercado? Estos y otros problemas nos enloquecían, sin embargo, los tres millones de acres nos atraían como un gran imán a pesar de que más tarde nos dimos cuenta que la concesión De Mares no tenía sino un millón de acres, pero sin embargo era más que suficiente".

En febrero de 1916 De Mares le solicitó permiso al Estado colombiano para traspasarle la concesión a Michael Benedum, Joe C. Trees y a George W. Crawford quienes el 20 de mayo de 1916 constituyeron en Wilmington, Estado de la Delaware, la sociedad Tropical Oil Co. (Troco) con un capital de U$ 50´000.000. El gobierno le negó a De Mares dicha solicitud, por lo que la Troco. en forma delegada siguió los trabajos de exploración, montaje de las torres de perforación y construcción de los primeros campamentos. Días antes de cumplirse la fecha límite para iniciar los trabajos de exploración y explotación del petróleo se levantó el acta de San Vicente de Chucurí entre representantes de De Mares y de la Troco, se le envío una copia de dicha acta y una muestra de petróleo al Ministerio de Minas y se hizo constar la llegada de equipos, construcción de campamentos y readecuación del río la Colorada. Finalmente el 23 de agosto de 1919 el gobierno le permitió a De Mares que traspasara la concesión a la Troco; la cual tendría una vigencia de 30 años contados a partir del 23 de agosto de 1921. Se emitieron un millón de acciones, correspondiéndole a De Mares 25.000 de ellas; a José Joaquín Bohórquez no lo tuvieron en cuenta, por lo que decidió entablar una demanda y logró que le dieran 5.000 acciones por un valor comercial de U$10.000 dólares. El 10 de junio de 1926 se inició el bombeo de petróleo crudo hacia Cartagena y el 3 de julio se exportaron los primeros 88.172 barriles.

Cuando se aproximaba la fecha de la reversión de la concesión De Mares, la Refinería procesaba 22.000 barriles diarios; sin embargo Ecopetrol decidió contratar la operación de la Refinería y la explotación de los campos de producción por 10 años más, y firmó el 3 de julio de 1951 un contrato con Intercol, que incluía adicionalmente la asesoría de 21 técnicos extranjeros y un préstamo por U$ 10´000.000. El 12 de mayo de 1959 la junta directiva de Ecopetrol le comunicó a Intercol su decisión de asumir la administración directa de la Refinería y la noche del 31 de marzo de 1961 la Refinería pasó definitivamente a ser operada y administrada por personal colombiano.